《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2006〕187號(hào)）以及《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈土地增值稅清算管理規(guī)程〉的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2009〕91號(hào)）規(guī)定，納稅人有下列情形之一的，應(yīng)進(jìn)行土地增值稅的清算：1.房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷(xiāo)售的；2.整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的；3.直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。納稅人符合下列情形之一的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：1.已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個(gè)項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過(guò)85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；2.取得銷(xiāo)售（預(yù)售）許可證滿(mǎn)3年仍未銷(xiāo)售完畢的；3.納稅人申請(qǐng)注銷(xiāo)稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；4.省稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的其他情況。
納稅人具備以上條件，無(wú)論是主動(dòng)清算還是被動(dòng)清算，都要面臨如何確定收入的問(wèn)題?！秶?guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)稅函〔2010〕220號(hào)）對(duì)這一問(wèn)題，區(qū)分不同情形進(jìn)行了明確。
1.開(kāi)發(fā)項(xiàng)目銷(xiāo)售完畢且已全額開(kāi)具商品房銷(xiāo)售發(fā)票的，按照發(fā)票所載金額確認(rèn)收入。
開(kāi)發(fā)產(chǎn)品銷(xiāo)售收入，若會(huì)計(jì)處理均通過(guò)“預(yù)收賬款”科目核算，則“預(yù)收賬款”各年度該項(xiàng)目累計(jì)發(fā)生額即為收入總額。此種情況下，商品房確權(quán)面積及結(jié)算價(jià)款已經(jīng)確認(rèn)，結(jié)算發(fā)票應(yīng)全部開(kāi)具，依據(jù)發(fā)票所載金額，確認(rèn)土地增值稅收入是成立的。但要注意復(fù)核編制的項(xiàng)目簽約銷(xiāo)售清單、確認(rèn)面積結(jié)算單、銷(xiāo)售發(fā)票或銷(xiāo)售收據(jù)是否一致，勾稽關(guān)系是否成立。
此外，未在“預(yù)收賬款”科目核算的價(jià)外收費(fèi)，也應(yīng)計(jì)入收入總額。對(duì)于開(kāi)發(fā)商在項(xiàng)目開(kāi)發(fā)過(guò)程中的代收費(fèi)用，《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問(wèn)題規(guī)定的通知》（財(cái)稅〔1995〕48號(hào)）規(guī)定，對(duì)于縣級(jí)及縣級(jí)以上人民政府要求房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)在售房時(shí)代收的各項(xiàng)費(fèi)用，如果代收費(fèi)用是計(jì)入房?jī)r(jià)中向購(gòu)買(mǎi)方一并收取的，可作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)所取得的收入計(jì)稅；如果代收費(fèi)用未計(jì)入房?jī)r(jià)中，而是在房?jī)r(jià)之外單獨(dú)收取的，可以不作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的收入。對(duì)于代收費(fèi)用作為轉(zhuǎn)讓收入計(jì)稅的，在計(jì)算扣除項(xiàng)目金額時(shí)，可予以扣除，但不允許作為加計(jì)20%扣除的基數(shù)；對(duì)于代收費(fèi)用未作為轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的收入計(jì)稅的，在計(jì)算增值額時(shí)，不允許扣除代收費(fèi)用。因此，若房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)不是按照縣級(jí)以上人民政府的規(guī)定要求代收的費(fèi)用，則要作為開(kāi)發(fā)產(chǎn)品的收入征稅。財(cái)務(wù)處理記入“其他應(yīng)付款”科目核算，可能導(dǎo)致銷(xiāo)售合同清單、銷(xiāo)售發(fā)票清單與會(huì)計(jì)科目“預(yù)收賬款”收入總額不一致。因此，土地增值稅清算時(shí)，對(duì)于銷(xiāo)售收入要分析確認(rèn)。
國(guó)稅發(fā)〔2006〕187號(hào)文件規(guī)定，土地增值稅以國(guó)家有關(guān)部門(mén)審批的房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對(duì)于分期開(kāi)發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。開(kāi)發(fā)項(xiàng)目中同時(shí)包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計(jì)算增值額。因此，銷(xiāo)售收入總額要首先分期確定，然后分類(lèi)確定。
2.未開(kāi)具發(fā)票或未全額開(kāi)具發(fā)票的，以交易雙方簽訂的銷(xiāo)售合同所載的售房金額及其他收益確認(rèn)收入。銷(xiāo)售合同所載商品房面積與有關(guān)部門(mén)實(shí)際測(cè)量面積不一致，在清算前已發(fā)生補(bǔ)、退房款的，應(yīng)在計(jì)算土地增值稅時(shí)予以調(diào)整。
并非開(kāi)發(fā)商收款都會(huì)開(kāi)具發(fā)票，發(fā)票所載金額不一定能如實(shí)反映開(kāi)發(fā)產(chǎn)品銷(xiāo)售總額，特別是開(kāi)發(fā)產(chǎn)品已售未收款在財(cái)務(wù)賬目也沒(méi)有反映的情況下，比如關(guān)系客戶(hù)定房后，只交納定金，清算時(shí)只能依據(jù)交易雙方簽訂的銷(xiāo)售合同所載金額來(lái)確認(rèn)收入。但在這種方式下，全部銷(xiāo)售合同應(yīng)悉數(shù)備案，無(wú)論納稅人還是主管稅務(wù)機(jī)關(guān)，要逐一復(fù)核開(kāi)發(fā)項(xiàng)目的開(kāi)發(fā)樓棟、開(kāi)發(fā)套數(shù)、規(guī)劃面積、預(yù)售面積、確權(quán)面積等基本數(shù)據(jù)，確保勾稽無(wú)誤。
開(kāi)發(fā)項(xiàng)目開(kāi)始清算，按照開(kāi)發(fā)商編制的項(xiàng)目銷(xiāo)售合同簽約明細(xì)表確認(rèn)收入，若沒(méi)有考慮已經(jīng)按照實(shí)際確權(quán)面積進(jìn)行結(jié)算的補(bǔ)、退房款差異，仍會(huì)存在誤差。
商品房銷(xiāo)售管理辦法規(guī)定，商品房銷(xiāo)售可以按套（單元）計(jì)價(jià)，也可以按套內(nèi)建筑面積或者建筑面積計(jì)價(jià)。按套（單元）計(jì)價(jià)的房屋，誤差范圍在合同約定的范圍之內(nèi)，一般不會(huì)產(chǎn)生補(bǔ)、退房款。按套內(nèi)建筑面積或者建筑面積計(jì)價(jià)的，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)在合同中載明合同約定面積與產(chǎn)權(quán)登記面積發(fā)生誤差的處理方式。合同未作約定的，按以下原則處理：（1）面積誤差比*值在3%以?xún)?nèi)（含3%）的，據(jù)實(shí)結(jié)算房?jī)r(jià)款；（2）面積誤差比*值超出3%時(shí)，買(mǎi)受人有權(quán)退房。買(mǎi)受人退房的，房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)應(yīng)當(dāng)在買(mǎi)受人提出退房之日起30日內(nèi)將買(mǎi)受人已付房?jī)r(jià)款退還給買(mǎi)受人，同時(shí)支付已付房?jī)r(jià)款利息。買(mǎi)受人不退房的，產(chǎn)權(quán)登記面積大于合同約定面積時(shí)，面積誤差比在3%以?xún)?nèi)（含3%）部分的房?jī)r(jià)款由買(mǎi)受人補(bǔ)足；超出3%部分的房?jī)r(jià)款由房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)承擔(dān)，產(chǎn)權(quán)歸買(mǎi)受人。產(chǎn)權(quán)登記面積小于合同約定面積時(shí)，面積誤差比*值在3%以?xún)?nèi)（含3%）部分的房?jī)r(jià)款由房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)返還買(mǎi)受人；*值超出3%部分的房?jī)r(jià)款由房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)雙倍返還買(mǎi)受人。
當(dāng)面積誤差比*值超過(guò)3%時(shí)，房地產(chǎn)企業(yè)有可能支付客戶(hù)退房的房?jī)r(jià)款利息以及承擔(dān)超出3%部分的房?jī)r(jià)款，還有可能雙倍返還客戶(hù)*值超出3%部分的房?jī)r(jià)款。
支付給客戶(hù)退房款以及雙倍返還客戶(hù)*值超出3%部分的房?jī)r(jià)款時(shí)，房地產(chǎn)企業(yè)可以沖減其銷(xiāo)售收入。會(huì)計(jì)處理為：借記“預(yù)收賬款（或主營(yíng)業(yè)務(wù)收入）”，貸記“銀行存款”。若支付利息，借記“財(cái)務(wù)費(fèi)用”，貸記“銀行存款”。
實(shí)務(wù)中，確權(quán)面積結(jié)算差異是客觀存在的，補(bǔ)、退房款是正常的，不過(guò)一般都能控制在3%以?xún)?nèi)。但納稅人要將結(jié)算資料保存完整，以備核查。
3.未簽訂銷(xiāo)售合同的情形也要清算收入。
國(guó)稅函〔2010〕220號(hào)文件沒(méi)有明確未開(kāi)具發(fā)票或未全額開(kāi)具發(fā)票或未簽訂銷(xiāo)售合同如何確認(rèn)收入的情形。例如，房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)企業(yè)將開(kāi)發(fā)產(chǎn)品用于職工福利、獎(jiǎng)勵(lì)、對(duì)外投資、分配給股東或投資人、抵償債務(wù)、換取其他單位和個(gè)人的非貨幣性資產(chǎn)等已經(jīng)交付使用的特殊情形，清算時(shí)則可依據(jù)國(guó)稅發(fā)〔2006〕187號(hào)文件第三條第一款規(guī)定，確認(rèn)土地增值稅清算收入，即按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷(xiāo)售的同類(lèi)房地產(chǎn)的平均價(jià)格確定，或由主管稅務(wù)機(jī)關(guān)參照當(dāng)?shù)禺?dāng)年、同類(lèi)房地產(chǎn)的市場(chǎng)價(jià)格或評(píng)估價(jià)值確定。對(duì)實(shí)際未投入使用的房屋，應(yīng)待實(shí)際投入使用時(shí)，再按上述辦法確認(rèn)收入
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