南寧市國家稅務局內部設有多個部門，這些部門覆蓋了稅務工作的各個方面，包括行政管理、政策制定、稅收征收、納稅服務、財務管理、人事管理、教育培訓以及紀檢監(jiān)察等。以下是各部門的主要職責概述：
辦公室：規(guī)劃年度工作計劃，負責機關文電處理、機要通信、會議組織等工作，同時承擔稅收宣傳、新聞發(fā)布、政務公開和維穩(wěn)事務。
政策法規(guī)科：負責依法行政和稅收政策的制定與執(zhí)行，處理多稅種綜合性政策的落實和監(jiān)督工作，參與行政復議和執(zhí)法過錯責任追究。
貨物和勞務稅科：主要負責增值稅、消費稅等稅種的征收管理工作，并承擔發(fā)票管理和稽核檢查任務。
所得稅科：負責企業(yè)所得稅等稅種的征收工作，并進行納稅評估和日常管理。
收入核算科：編制稅收計劃，監(jiān)控稅收收入，并負責稅款征收管理和數(shù)據(jù)分析。
納稅服務科（納稅服務中心）：負責協(xié)調組織納稅服務工作，處理納稅人相關事務，包括稅務登記、發(fā)票管理、納稅申報等。
征收管理科：負責綜合性稅收征管工作，研究和實施稅收征管規(guī)程，管理稅務登記和納稅申報等流程。
財務管理科：負責財務、基本建設、采購和審計等管理工作，確保財務管理的監(jiān)督到位。
人事科：負責人事干部管理，包括編制、任免、考核和監(jiān)督等工作。
教育科：負責推進系統(tǒng)內的精神文明建設和人員培訓，深化法制教育。
監(jiān)察室：負責紀檢監(jiān)察工作，監(jiān)督黨的路線方針和法律法規(guī)的執(zhí)行，查處違法違紀案件。
機關黨辦負責黨建工作，離退休干部科則負責為機關離退休干部提供服務和管理工作。還設有大企業(yè)和國際稅務管理科以及進出口稅收管理科等專項部門。
為了保證消費者的監(jiān)督權得以行使，衛(wèi)生監(jiān)管部門應要求從事餐飲、理發(fā)、浴池等服務行業(yè)的人員在工作期間佩戴健康證。健康證的辦理地點通常是當?shù)丶膊☆A防控制中心或經(jīng)衛(wèi)生行政部門審批的預防性健康檢查醫(yī)療衛(wèi)生機構。任何未經(jīng)批準擅自開展此項工作的機構，其出具的體檢單將不被衛(wèi)生監(jiān)督機構受理。健康證的主要檢查項目包括病毒性肝炎、痢疾、傷寒、肺結核等。體檢流程包括健康查體、檢驗室采血和大便肛拭化驗、內外科常規(guī)體檢、X光胸透等。前需攜帶身份證和個人免冠一寸彩色照片到指定的健康體檢單位進行預防性健康檢查。
根據(jù)《食品安全法》的規(guī)定，國家對食品生產(chǎn)經(jīng)營實行許可制度。從事食品生產(chǎn)、銷售、餐飲服務應當依法取得許可。市人民辦公廳根據(jù)這些職責設有多個內設機構，包括第一秘書科到第七秘書科等，各自負責對應的副市長政務活動、外事活動的具體安排，起草講話材料、調研報告，起草或參與起草綜合性重要文件，處理和督辦對應市人民領導同志的文電、信函、批示以及交辦的各項工作。（一）負責協(xié)助副市長組織協(xié)調政務活動及外事活動的具體安排。對相應的副市長講話材料、調研報告進行起草或參與起草工作。負責處理和督辦對應市人民領導同志的文電、信函、批示及交辦工作。還需負責教育、文化新聞出版、衛(wèi)生、食品藥品監(jiān)管等領域的文電工作。
（二）第八秘書科主要職責為，負責副市長的政務活動和外事活動的具體安排，以及對應領導同志的文電、信函、批示等處理和督辦工作。負責北部灣（廣西）經(jīng)濟區(qū)規(guī)劃建設、保稅物流等領域的文電工作。
（三）綜合科主要負責市人民辦公廳的政務、事務工作，包括會議的安排、會議記錄及編寫會議簡報等重要文件。還負責史志、年鑒類的編寫工作。
（四）文書科主要工作包括文電收發(fā)、運轉、印鑒管理、文書檔案等，同時還負責辦公廳保密、文印、公文規(guī)范審核等工作。
（五）人事科則主要負責機關及所屬單位的人事管理、教育培訓和出國政審工作，以及會議的會務工作和相關文件起草工作。
（六）行政科主要任務是負責市人民領導及辦公廳機關的后勤服務管理工作，包括辦公用房調配、財務和國有資產(chǎn)管理等。
（七）信息科負責全市政務信息的收集、核實和報送工作，同時負責政務信息系統(tǒng)的建設和維護工作。
（八）督查室的主要職責是督促檢查和落實反饋市人民各部門和各縣區(qū)人民對各項決議和重要工作部署的貫徹執(zhí)行情況。
（九）應急管理辦公室主要負責全市應急管理工作和市人民應急管理委員會的日常工作，內設值班室、協(xié)調處置科和應急管理科等部門，分別負責應急值守、協(xié)調處置和應急管理等方面的工作。
（十）市政務服務中心管理辦公室主要任務是組織并參與起草市行政審批和政務服務管理的法規(guī)、規(guī)章和政策，同時負責行政審批項目集中辦理和政務公開、信息公開工作等。該辦公室下設政務管理科、政務協(xié)調科和政務技術科等部門。
（十一）市大型活動協(xié)調辦公室主要負責對全年大型活動進行規(guī)劃、統(tǒng)籌、協(xié)調等工作，同時承擔南寧市服務中國—東盟博覽會工作領導小組、南寧國際民歌藝術節(jié)組委會的日常工作。該辦公室內設活動管理科、活動協(xié)調科和活動指導科等部門。
市活動管理科承擔辦公室日常政務及后勤保障工作，并對以部門名義舉辦的大型活動進行備案管理。該科室負責制定并實施大型活動的工作制度與流程，并專項負責大型活動的經(jīng)費管理、使用及結算。在大型活動舉辦期間，該科室還負責會務及事務的協(xié)調，并承擔大型活動檔案資料的收集、整理、總結及歸檔工作。
活動協(xié)調科則負責統(tǒng)籌編制以市委、市名義舉辦的全市性大型活動的年度計劃，對計劃外的大型活動提供可行性建議。該科室還負責大型活動期間重要文稿和工作方案的起草、統(tǒng)籌及報批，并制訂票務計劃加以實施。該科室還負責統(tǒng)籌活動實施中各部門的關系，并指導工作的順利開展。
活動指導科則主要負責大型活動的證件管理、現(xiàn)場工作的指導及組織實施。該科室還負責以市委、市名義在活動期間互贈物品的相關工作，并協(xié)助各部門策劃以市委、市名義舉辦的專項大型活動。
市信用體系建設辦公室則負責全市的信用體系建設工作，包括起草相關地方法規(guī)和實施規(guī)范，編制南寧市信用體系建設規(guī)劃等。該辦公室還負責組織、協(xié)調全市信用信息資源的整合與發(fā)布，推動信用管理原理在行業(yè)管理中的應用，并對信用市場和市場主體進行培育。該辦公室承擔市信用體系建設工作領導小組的日常工作，開展信用體系建設宣傳教育活動，并指導行業(yè)協(xié)會開展活動。
至于離退休人員工作科則負責機關及所屬單位的離退休人員管理工作。而機關黨組織的黨群工作則由人事科承擔。紀檢監(jiān)察室則負責機關及所屬單位的紀檢、監(jiān)察工作。
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